Het antwoord is nee. Het sluiten van de EGR klep heeft geen invloed op de CO2 uitstoot. Wat je doet met EGR is vebrandde uitlaatgassen opnieuw door de motor heen voeren. Dat is inert, en verbrand dus niet opnieuw. Er ontstaat dus niet meer uitstoot. Alles wat je opnieuw in de motor stopt, is nog niet uit de uitlaat gekomen, en dus niet te meten. De EGR heeft als doel om warmte te ontrekken van de verbranding, en dat zorgt voor een lagere NOx uitstoot. NOx uitstoot is enkel iets waar fabrikanten aan moeten voldoen voor de europese goedkeuring, en wordt niet gemeten bij der APK, tuv etc.
Daar komt bij dat dat tijdens ze bij de TUV keuring (voor zover ik weet) geen CO2 meten, maar alleen roet. Een dichte EGR zorgt voor minder roet uitstoot, doordat er een groter zuurstofoverschot aanwezig is, wat een volledigere vebranding geeft. Immers al het volume wat eerst door EGR in beslag genomen werd, bestaat nu uit extra lucht, en dus ook zuurstof. Dat levert overigens ook een lager verbruik op.
Conclusie: EGR dichten is geen probleem, en zelfs bevordelijk voor de roetmeting. Let er wel op dat er bij jouw auto inderdaad een storingsmelding komt, die enkel verholpen kan worden door het aanpassen van de software in de ECU.